In località Madonna, a circa due chilometri dal centro storico di Lonigo, lungo la strada provinciale che conduce a San Bonifacio, è situato il Santuario della Madonna dei Miracoli. Fu eretto tra la fine del XV e l'inizio del XVI secolo su un'antica chiesa benedettina dedicata a San Pietro.
Il luogo di culto attuale fu costruito per devozione a un'immagine della Vergine, che nel Quattrocento fu protagonista di un evento miracoloso. Il 1º maggio 1486, la Madonna dipinta presente nel santuario fu oltraggiata e danneggiata con un pugnale da due calzolai veronesi. Questi calzolai avevano appena ucciso un compagno di viaggio per rapinarlo. Dopo l'oltraggio, l'immagine miracolosamente portò la mano sinistra all'occhio ferito, mentre gocce di sangue sgorgavano dall'altra ferita sul petto.
I colpevoli della profanazione, Gianantonio e Guglielmo, fuggirono. Gianantonio riuscì a far perdere le sue tracce, ma Guglielmo fu catturato, torturato, processato e giustiziato a Verona il 5 maggio. L'evento ebbe una vasta risonanza, e il rettore del santuario rinunciò al beneficio sulla chiesa di San Pietro in favore dell'abate di Santa Maria in Organo a causa dell'afflusso incontrollabile di fedeli.
Il Museo degli Ex Voto del Santuario, situato nella sacrestia vecchia del santuario quattrocentesco, è stato inaugurato nel 1997. Il museo conserva una delle più rilevanti collezioni di tavolette votive dell'Italia settentrionale, che copre un arco temporale di cinque secoli, dalla fine del Quattrocento alla fine dell'Ottocento. La collezione comprende dipinti su tavola e tela, ex voto anatomici su lamina, gioielli, lampade votive, cuori d'argento, ricami, stendardi e altri oggetti votivi. Questa raccolta è considerata tra le maggiori in Italia sia per la quantità che per la qualità e l'interesse storico-artistico e devozionale.